實(shí)時(shí)熒光定量PCR常見問題及解決方法
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺(tái)
熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)常見問題及其解決方法由普拉特澤生物為大家總結(jié)分享,普拉特澤生物表達(dá)檢測平臺(tái)專業(yè)承接熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)代做服務(wù),在實(shí)時(shí)熒光定量PCR的實(shí)驗(yàn)操作中積累了大量的經(jīng)驗(yàn),同時(shí)也遇到了不計(jì)其數(shù)的問題,表達(dá)檢測實(shí)驗(yàn)的技術(shù)在一次又一次實(shí)踐中總結(jié)了遇到各種常見問題的原因和解決方法。本文就跟大家一起來看實(shí)驗(yàn)過程中出現(xiàn)頻率最高的一些問題:
1、RNA得率低
原因1:樣品裂解不完全
解決:適當(dāng)選擇起始材料的量,加入合適體積的裂解液。
原因2:勻漿不充分
解決:減少材料的數(shù)量; 根據(jù)材料類型選擇合適勻漿方法; 組織樣本適宜切成小塊后,在Trizol試劑中均質(zhì),充分裂解。
原因3:用于分光光度分析的稀釋液PH值太低
解決:使用TE(PH 8.0)作為稀釋液進(jìn)行讀數(shù)測定。
2、RNA降解
問題1:RNA酶污染
解決:戴上手套操作,勤換手套; 耗材與試劑均應(yīng)作RNase-free處理; 操作中減少EP管的開蓋次數(shù)與時(shí)間。
問題2:樣品處理不當(dāng)
解決:新鮮組織收獲后,立即凍結(jié)在-70℃或液氮中; 也可以在Trizol試劑中均質(zhì)后,-70℃下儲(chǔ)存。
3、Abs260/Abs280比值低
問題1:酸性pH降低吸光度比率
解決:使用TE緩沖液(pH 8.0)作為稀釋液進(jìn)行測定。
問題2:水相被酚相污染
解決:小心轉(zhuǎn)移上層水相,避免吸入中間相,可留少許上層相不吸取。
4、DNA 污染
問題1:Trizol加少了,造成DNA /核蛋白復(fù)合物與RNA水相分離不完全
解決:適當(dāng)選擇起始材料的量,加入合適體積的裂解液。
問題2:水相被苯酚相污染
解決:小心轉(zhuǎn)移上層水相,避免吸入中間相,可留少許上層相不吸取。
5、下游反應(yīng)中RNA表現(xiàn)不佳
問題1:乙醇或鹽類污染
解決:溶解RNA之前,注意洗滌沉淀,并通過空離和風(fēng)干除去殘留。
6、熔解曲線有雜峰
問題1:引物二聚體
解決:
(1)提高退火溫度
(2)降低引物濃度,甚至調(diào)整正向引物和反向引物的比例。 一般引物最終濃度設(shè)定為200 nM,但如有必要,可降低至60 nM。
(3)鎂離子的濃度最好在3 mM左右。 高于這個(gè)濃度,引物二聚體更易形成;
(4)重新設(shè)計(jì)引物并評(píng)估它們的二聚化傾向。
問題2:非特異性擴(kuò)增
解決:重新設(shè)計(jì)引物并通過預(yù)實(shí)驗(yàn)評(píng)估特異性。
問題3:cDNA模板降解
解決:模板避免反復(fù)凍融,可適當(dāng)分裝保存,每次取用一小管。
7、無擴(kuò)增信號(hào)
原因:低表達(dá),反轉(zhuǎn)錄,或定量儀器問題
好啦!那實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)常見問題及其解決方法咱們就分享到這里啦!希望能幫到大家哦,如果您遇到了更多解決不了的問題或需要外包實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn),歡迎隨時(shí)留言哦~咱們下期見!