什么是亞硫酸氫鈉測序?【甲基化檢測外包】
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺
亞硫酸氫鈉測序法(BSP)實驗介紹由普拉特澤生物為大家總結分享。亞硫酸氫鹽測序是檢測細胞或組織中全部染色體DNA上甲基化情況的技術。普拉特澤生物表達檢測平臺專業(yè)提供亞硫酸氫鈉測序實驗外包服務,本文我們先來看看亞硫酸氫鈉測序法的實驗介紹~
亞硫酸氫鈉測序法(BSP)是基于亞硫酸氫鹽能使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,行PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶,然后對PCR產物進行高通量測序。通過分析不同樣品之間的甲基化差異,可研究DNA甲基化水平對基因表達的調控。
直接測序法是建立在 MSP 基礎上進一步深入研究 CpG 島各個位點甲基化情況的方法。重亞硫酸鹽使 DNA 中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,行PCR 擴增(引物設計時盡量避免有 CpG,以免受甲基化因素的影響)所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。最后,對PCR產物進行測序,并且與未經處理的序列比較,判斷是否CpG位點發(fā)生甲基化。
亞硫酸氫鈉測序法是一種可靠性及精確度很高的方法,能明確目的片段中每一個 CpG 位點的甲基化狀態(tài)。在尋找有意義的關鍵性 CpG 位點上,有其他方法無法比擬的優(yōu)點。測序法以 CpG 島兩側不含 CpG 點的一段序列為引物配對區(qū),所以能夠同時擴增出甲基化和非甲基化靶序列。它的不足是耗費時間和耗資過多,至少要測序 10 個以上的克隆才能獲得可靠數(shù)據(jù),同時需要大量的克隆及質粒提取測序,過程較為繁瑣、昂貴。
亞硫酸氫鈉測序法的簡單實驗流程如下:
1、引物設計與測試;
2、基因組提??;
3、亞硫酸氫鈉修飾DNA并純化回收修飾產物;
4、PCR擴增、產物回收并連入T載;
5、測序分析;
6、甲基化分析與數(shù)據(jù)統(tǒng)計。
亞硫酸氫鈉測序法我們先簡單介紹到這里啦,下期咱們分步詳細講解BSP實驗的實驗步驟,如果您有還有關于BSP實驗的問題或有BSP檢測外包的需求歡迎隨時聯(lián)系普拉特澤~