流式結(jié)果怎么看【干貨文章】
來源/作者:普拉特澤生物-醫(yī)學整體課題外包
我們首先來看看流式細胞術(shù)的簡單介紹:
1、流式細胞術(shù):是基于細胞或顆粒光學散射特點和熒光信號差異對單個細胞或顆粒進行統(tǒng)計分析的一種檢測方法。
2、流式抗體:與普通抗體的不同,是偶聯(lián)熒光素的抗體表達某一抗原的細胞與偶聯(lián)熒光素的抗體特異性結(jié)合,經(jīng)過流式細胞儀檢測區(qū)時熒光素被激光激發(fā),發(fā)射出的熒光信號被接收。分析時反推回去:某種熒光信號→某種流式抗體→某種抗原→某種細胞。
3、流式圖:流式儀將接收到的光信號轉(zhuǎn)化為電信號,經(jīng)計算機轉(zhuǎn)化為數(shù)字信號,繪制成圖呈現(xiàn)。
既然流式結(jié)果都是以圖片形式呈現(xiàn)的,那我們下面就重點來講講怎么看流式的結(jié)果圖吧。
介紹圖的類型
1. 直方圖 2.散點圖 3. 等高線圖 4.密度圖
1. 直方圖(Histograms)
a.橫坐標代表熒光信號或散射光信號相對強度,可以是線性或?qū)?shù)坐標。
b.縱坐標一般是相對細胞數(shù)。
直方圖適用于分析處理周期(如下圖)
直方圖分析數(shù)據(jù)注意事項:
① 不能比較不同標記之間的表達量。如一號樣本單標記CD133、二號樣本單標記CD44,那么CD133與CD44表達量不能用直方圖進行比較。
② 直方圖的形狀(直方圖的高度及寬度)取決于儀器的類型、處理軟件和樣本
③檢測目的細胞非常少(即檢測的細胞在一個細胞群體中所占的比例特別少),因此需要統(tǒng)計大量的數(shù)據(jù),直方圖將會將該稀有細胞覆蓋,如下圖散點圖中的P2門為CD16陰性群體,但在直方圖中則幾乎看不出來,所以此時散點圖為最佳展示數(shù)據(jù)方式。
2. 散點圖(Dot plots)
散點圖是雙變量圖的基本圖形,相對于單參數(shù)直方圖其分析通量更高,同時也能更好觀察到較小比例細胞群,參見直方圖注意事項2,另外散點圖中設門后,可以賦予門控顏色,便于觀察門控細胞群在其他圖中的分布,比如下圖只賦予淋巴細胞門紅色,則可以觀察到淋巴細胞中在散射光圖中的分布。
橫坐標和縱坐標都是光信號,十字門左下角是雙陰性群,右下角和左上角是單陽群,右上角是雙陽群。散點圖上的每一個點可以代表某一個細胞的信息。
但是散點圖在顯示足夠多events下的細胞分群上缺乏細節(jié),如下圖,流式儀器記錄的events達到50000以上時,CCR7的陽性群與陰性群已經(jīng)沒有明顯界限,但當用等高線圖或者密度圖時,明顯改善點圖存在的缺點。
3. 密度圖(Density plot)
密度圖不僅能夠表示一個標記的表達水平,還能顯示給定區(qū)域中事件的相對數(shù)量(密度)。有三種密度圖。密度度、斑馬線圖、偽彩圖。選擇自己一種喜歡的應用
4.等高線圖(Contour plots)
等高線圖是另一顯示數(shù)據(jù)密度的形式。該圖使用等高線顯示數(shù)據(jù)的相對強度。等高線的每條線包含events的百分比由所用軟件的等高線圖決定。單純的等高線圖不能顯示低密度的群體顆粒或者異常值,最好的策略為等高線圖與點圖結(jié)合起來使用,比如下圖左邊為點圖,中間為等高線圖,右邊為等高線加點圖。
分析,建議用散點圖
用直方圖不能說錯,但這需要在沒有自發(fā)熒光或自發(fā)熒光低、熒光滲漏調(diào)整到位的情況下。而在實際檢測中,自發(fā)熒光總是難以避免,更不用說現(xiàn)在多色流式中熒光滲漏對通道的干擾。
摘錄https://slideplayer.com/slide/13482960/中的圖與大家剖析,通過下面這個圖可以明顯看出,在直方圖上,自發(fā)熒光造成的拖尾,使得你的陰陽性分界位置難以確定,即使GFP樣本能夠形成雙峰,但實際上雙峰分界位置同時包括了自發(fā)熒光假陽性信號、陽性群弱表達信號,這兩部分信號數(shù)量一樣的時候,這個位置恰好相互抵消,但如果不一樣的,這個比例就不準確了,如果改用下面的散點圖,用不規(guī)則門(如下面的梯形門),就可以準確圈出陽性群,呈現(xiàn)更真實的比例:
綜上,不同類型的流式圖各有優(yōu)缺點,適用于不同類型的檢測。這些流式圖我們U平臺的技術(shù)小哥哥都能做喲~老師有特定想要的圖片類型可以跟我們要求,技術(shù)小哥哥也會根據(jù)您的檢測內(nèi)容推薦最好的圖片形式的哦。
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