QPCR檢測實(shí)驗(yàn)詳細(xì)的步驟與報(bào)告(二)
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺
普拉特澤生物為廣大生命科學(xué)研究人員提供QPCR檢測實(shí)驗(yàn),可根據(jù)實(shí)方案的要求選擇不同的檢測方法,本文就跟大家一起繼續(xù)闡述QPCR檢測實(shí)驗(yàn)詳細(xì)的步驟與報(bào)告。
一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/span>
通過QPCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)定量檢測基因表達(dá)量。
二、實(shí)驗(yàn)樣品及分組
1. 實(shí)驗(yàn)樣本
備注:包括干預(yù)細(xì)胞用的相關(guān)試劑均按實(shí)驗(yàn)樣品登記,每行登記一個(gè)或一組獨(dú)立樣品。
2 .實(shí)驗(yàn)分組
細(xì)胞: SH-SY5Y
分組:
常規(guī)培養(yǎng)條件:完全培養(yǎng)基,95%空氣+5%二氧化碳;
OGD培養(yǎng)條件:無糖Earle液,95%氮?dú)?5%二氧化碳處理4h,復(fù)氧復(fù)糖24h
指標(biāo):1、核質(zhì)分離后檢測lncRNA BDNF-AS(NR_002832.2)
2、提取總RNA檢測BDNF(Gene ID: 627)、APP( Gene ID: 351)、BACE1( Gene ID: 23621)、BDNF-AS的表達(dá)(默認(rèn)最長的轉(zhuǎn)錄本)
三、實(shí)驗(yàn)結(jié)果
四、實(shí)驗(yàn)材料
1.主要實(shí)驗(yàn)儀器
2.主要實(shí)驗(yàn)試劑及耗材
五、實(shí)驗(yàn)原理
QPCR技術(shù),是指在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),利用熒光信號累積實(shí)時(shí)監(jiān)測整個(gè)PCR進(jìn)程,最后通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對未知模板進(jìn)行定量分析的方法。根據(jù)熒光信號的變化能夠?qū)崟r(shí)檢測PCR擴(kuò)增反應(yīng)中每一個(gè)循環(huán)擴(kuò)增產(chǎn)物量的變化,通過Ct值和標(biāo)準(zhǔn)曲線的分析就能對起始模板進(jìn)行定量分析。
六、實(shí)驗(yàn)步驟
1.引物設(shè)計(jì)
2.樣品前期處理
向細(xì)胞樣本中加入500 μl Trizol。
3. RNA提取
(1) 向加有Trizol的1.5 ml EP管中加入100 μl氯仿,震蕩混勻后,靜置5 min,在12000 rpm,4度離心10 min。
(2) 從離心機(jī)中取出1.5 ml EP管,再將上層無色透明的水相層吸入到另一干凈的1.5 mlEP管中。(樣品會分為三層:下層有機(jī)相層,中間層和上層的水相層,RNA位于上層水相中。)加入等體積的異丙醇,上下輕輕顛倒混勻之后,靜置10 min,再12000 rpm,4度離心10 min。
(3) 離心之后可在EP管壁或管底看到膠狀沉淀出現(xiàn),沉淀就是要提取的RNA。小心棄去上清,不要將沉淀倒掉了。
(4) 用1 ml 75℅乙醇對RNA沉淀進(jìn)行洗滌。然后于4℃ 7000 rpm離心5分鐘,將上清盡量去除干凈。
(5) 室溫靜置干燥,大約干燥5~10分鐘即可。(不要真空離心干燥,過于干燥會導(dǎo)致RNA的溶解性大大降低)。所有EP管中加入25 μl 的DEPC H2O,用槍頭吹打幾次,使RNA充分溶解,-80℃保存。
(6) RNA濃度檢測:使用核酸蛋白檢測儀檢測RNA濃度。
4.RNA濃度及純度測定
(見實(shí)驗(yàn)結(jié)果部分)
5.逆轉(zhuǎn)錄PCR
1. 按以下組份分別配制逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)液:
2.cDNA立刻進(jìn)行實(shí)驗(yàn)或者置于4℃保存。
六、實(shí)時(shí)熒光定量PCR反應(yīng)
1. 反應(yīng)體系的配置
2.反應(yīng)條件設(shè)置:
擴(kuò)增程序:
3.熔解程序
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