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分子生物學導(dǎo)論

2024-11-13 13:55:27

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺

    相信點進來的小伙伴都是未來生命科學界的準泰斗了,這里我想先跟大家玩兒一個腦筋急轉(zhuǎn)彎兒,3秒內(nèi)答不出來的出去罰站,想到答案的,就在彈幕里扣出你的答案吧。

準備好了嗎?

問:僵尸攻入了一個住滿科學家的村子,不一會兒就被團滅了,為什么?來,摳出你的答案

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答案就是。。。(接,植物大戰(zhàn)僵尸中,豌豆大戰(zhàn)僵尸的名場面動畫)

因為村子里啊,住著孟德爾。他種的豌豆,把僵尸們都給打死了。

好了,你,還知道多少生命科學人才能秒懂的冷笑話或腦筋急轉(zhuǎn)玩兒呢?評論區(qū)里來逗一逗大家玩兒吧!

言歸正傳,讓我們開始今天的主題內(nèi)容,跟大家一起來回顧一下,我們分子生物學的發(fā)展史。

一、分子生物學的概念

首先問大家一個問題:生命是什么?這個問題是我們醫(yī)學和生命科學永恒的話題。如果我們?nèi)タ?/span>ScienceNature這兩個研究自然科學的頂級雜志上所發(fā)表的論文,就會發(fā)現(xiàn)大約有四分之三的內(nèi)容都是在研究生命的本質(zhì)問題,由此可見,“生命的本質(zhì)到底是什么?”是人類科學研究的重點。

現(xiàn)代生物學認為,生命,是一個過程。具體來說,生命是生物體所表現(xiàn)出來的自身繁殖、生長發(fā)育、新陳代謝、遺傳變異以及對刺激產(chǎn)生反應(yīng)等的復(fù)合現(xiàn)象,其中任何單一的現(xiàn)象都不是生物所特有的。生命科學的發(fā)展,經(jīng)歷了從生物的表型,到基因型、從整體水平,到細胞水平,再到分子水平的漫長發(fā)展歷程。

圖一描述了生命科學的發(fā)展歷程。早期生物學研究主要集中在生物的表型特征上,即生物體可以觀察到的外部形態(tài)和特性。隨著生命科學的發(fā)展,科學家們逐漸認識到細胞是生物體的基本結(jié)構(gòu)和功能單位,這一發(fā)現(xiàn)使得生命科學的研究深入到了細胞水平,通過細胞生物學的研究,我們可以了解到細胞的結(jié)構(gòu)、功能、分裂、分化和凋亡等生命活動的基本過程。細胞水平的研究不僅為我們揭示了生物體內(nèi)部復(fù)雜而精細的結(jié)構(gòu),還為我們理解生命的本質(zhì)提供了重要的線索。

然而,隨著遺傳學的發(fā)展,科學家們開始認識到,生物體的遺傳信息(即基因型)對其表型有著決定性的影響,這一轉(zhuǎn)變標志著生命科學從描述性向解釋性、從現(xiàn)象到本質(zhì)的重大跨越。通過基因型研究,我們能夠更好地理解生物的遺傳規(guī)律、變異機制和進化過程。

進幾十年來,隨著科技的進步,只停留在表型、細胞、基因型上的研究無法從根本上解決困擾我們的生命科學難題,因此誕生了,分子生物學。而伴隨著分子生物學技術(shù)的飛速發(fā)展,生命科學的研究進一步深入到了分子水平。在分子水平上,科學家們可以研究生物大分子(如DNA、RNA和蛋白質(zhì))的結(jié)構(gòu)、功能和相互作用等生命活動的基本機制。分子生物學的研究成果最終使得我們的生命體在分子層面、細胞層面以及整體水平上的研究,得到了和諧與統(tǒng)一。

 

圖一、生命科學從整體水平發(fā)展到分子水平示意圖

所以說,人們對生命本質(zhì)的探索,經(jīng)歷了從整體到局部、從宏觀到微觀,從表型到機制的探索歷程。

二、分子生物學的發(fā)展進程

那么有小伙伴不禁要問,如此重要的分子生物學是如何一步步發(fā)展起來的呢?

其實,分子生物學的研究最早可追溯到1859年,這一年查爾斯·羅伯特·達爾文(Charles Robert Darwin出版了《物種起源》,在該書中,查爾斯·羅伯特·達爾文(Charles Robert Darwin根據(jù)20多年積累的對古生物學、生物地理學、形態(tài)學、胚胎學和分類學等許多領(lǐng)域的大量研究資料,以自然選擇為中心,從變異性遺傳性、人工選擇生存競爭適應(yīng),等方面論證物種起源和生命自然界的多樣性與統(tǒng)一性。

    1865年,格雷戈爾·孟德爾(Gregor Johann Mendel)發(fā)現(xiàn)遺傳因子,并建立孟德爾遺傳定律。孟德爾遺傳定律的建立為分子生物學提供了理論基礎(chǔ)和研究方向。但,這些規(guī)律在當時并沒有得到重視。他,也是我們視頻開頭腦經(jīng)急轉(zhuǎn)彎兒的靈感來源。

    1869年,喬治·卡特利特·馬歇爾(George Catlett Marshall)通過膿細胞提取到一種富含磷元素的酸性化合物,因存在于細胞核中,而把它命名為核素,這里的核素就是我們現(xiàn)在通常所說的核酸,而核酸這一名詞是在馬歇爾發(fā)現(xiàn)核素20年以后才被正式起用,在接下來幾十年的研究中,人們一直忽略了核酸在生命體中的功能研究。

    1900,來自3個不同國家的植物學家,幾乎同時發(fā)現(xiàn)了格雷戈爾·孟德爾(Gregor Johann Mendel的遺傳規(guī)律,他們查閱到了被淹沒在圖書館文獻中達35年之久的《植物雜交的實驗》原文,把它重新公之于世。從此,格雷戈爾·孟德爾(Gregor Johann Mendel的發(fā)現(xiàn)得到了高度評價并被廣泛認知。

    1902年,美國的生物學家沃爾特·薩頓(Walter Sutton)和德國的細胞學家博韋里Theodor Boveri)提出染色體理論,后托馬斯·亨特·摩爾根(Thomas Hunt Morgan)在1910年提出基因就是位于染色體上的一個重要組成元件(也就是,基因位于染色體上)。并在1913年,他發(fā)現(xiàn)基因在染色體上呈現(xiàn)線性排列。

 在1927年的時候,赫爾曼·約瑟夫·穆勒(Hermann Joseph Muller)通過X射線突變研究了基因內(nèi)的物理變化。

時間來到1944,來自英國的生物學家弗雷德里克·格里菲斯Frederick Griffith通過肺炎雙球菌實驗證明DNA就是遺傳物質(zhì),從此核酸是遺傳物質(zhì)的重要地位才被確立,人們把對遺傳物質(zhì)的注意力從蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移到了核酸上。

1953年,由詹姆斯·杜威·沃森(James Dewey Watson弗朗西斯·哈利·康普頓·克里克(Francis Harry Compton Crick通過它的相關(guān)的X射線衍射圖來得出數(shù)據(jù)證明了DNA為雙螺旋結(jié)構(gòu),并暗示DNA的復(fù)制方式。

而后,西爾遜(Meselson)和斯塔爾(Stahl1958年證明DNA的復(fù)制方式為半保留復(fù)制,并明確半保留復(fù)制是遺傳信息能夠準確傳遞的保證。同年弗朗西斯·哈利·克里克(Francis Harry Compton Crick)根據(jù)上述研究歸納總結(jié)出來了基因信息傳遞的重要法則-中心法則,確立了DNA這段一種重要的核酸物質(zhì),在基因信息傳遞過程中處于中心位置。

        1961悉尼·布倫納(Sydney Brenner)、弗朗索瓦·雅各布(Fran?ois Jacob)、馬修·梅塞爾森(Matthew Stanley Meselson發(fā)現(xiàn)信使 RNA ,并指出mRNA是由 DNA 的一條鏈作為模板轉(zhuǎn)錄而來的、攜帶遺傳信息能指導(dǎo)蛋白質(zhì)合成的一類單鏈核糖核酸。1961年,在加州理工學院的一個實驗室,悉尼·布倫納(Sydney Brenner)為首的九名科學家首次成功提取到mRNA。

4年后,也就是1966馬歇爾·沃倫·尼倫伯格(Marshall Warren Nirenberg)發(fā)現(xiàn)了遺傳密碼子的相關(guān)信息。通過這樣以上的幾項研究,科學家們終于將核酸與蛋白質(zhì)兩種重要的生物大分子緊密的聯(lián)系在一起了。   

上述的研究史發(fā)現(xiàn)了基因和基因的本質(zhì),并闡明了遺傳信息的傳遞過程。而對于基因改造的研究,則是在近幾十年里才發(fā)展起來的。

       1967保羅·伯格(Paul Berg)首次發(fā)現(xiàn)了在細胞內(nèi)部能可以將DNA連接到一起的DNA連接酶,1970年漢彌爾頓·奧塞內(nèi)爾·史密斯(Hamilton Othanel Smith)又發(fā)現(xiàn)了限制性內(nèi)切酶,然后保羅·伯格(Paul Berg)在1973年建立了DNA重組技術(shù),并獲得了第一個體外重組的DNA。

  隨后,1975戴維·巴爾的摩(David Baltimore發(fā)現(xiàn)了逆轉(zhuǎn)錄酶,1981年,威廉·吉爾伯特(William Gilbert)和弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)又建立了DNA測序方法。直到1985年,凱利·穆利斯(Kary Banks Mullis發(fā)現(xiàn)了分子生物學最重要的一個技術(shù)-PCR技術(shù),為我們接下來基因組的進一步的研究提供了可能,到此中心法則的內(nèi)容變得更加完整。

  說到這里呀,有多少小伙伴還記得PCR技術(shù)的三板斧:高溫變性、低溫退貨、適溫延伸?,F(xiàn)在我們做PCR,只需要將Mix、引物和模版按一定比例混合并放置到PCR儀里,設(shè)定好程序就可以進行擴增反應(yīng)了,不可謂不方便。但是Up主年輕時候的導(dǎo)師啊,他們那一代的人做PCR,可是用一邊用水浴鍋控溫、一邊用鬧鐘計時的呢。

跑完題后,我們再跑回來。在1975年之后,發(fā)展出了基因組學研究,其中最最重要的就是1990年美國首先啟動的人類基因組計劃。伴隨著這個計劃的提出,1994年中國人類基因組計劃也正式啟動,成為世界人類基因組計劃的一個組成部分。在此之后,利用DNA重組技術(shù),在1997年得到了第一只克隆羊多莉。2001年,美英等國家又完成了人類基因組計劃的基本框架2003年,人類基因組序列圖基本繪制完成。20105月,由美國人克萊格·文特爾(John Craig Venter)宣布世界首個人造生命在美國誕生,標志著基因研究從改造進入了創(chuàng)造階段。2012年,基于CRISPR-Cas9系統(tǒng)的基因編輯技術(shù)出現(xiàn),這是一種能夠高效、精確、快速地對基因進行替換、修正、刪除的革命性技術(shù)。2019年,人造新冠(不是),美國新冠(不是),美國人造新冠,嗶——————,病毒的出現(xiàn),標志著人類基因工程產(chǎn)物,大規(guī)模人群試驗開啟的新紀元。

由此可見,每隔5-10年,人類歷史上就有分子生物學領(lǐng)域重大的突破性成果出現(xiàn)。我們,一起期待未來幾十年內(nèi)的人類群星閃耀之時。

 


圖二、分子生物學發(fā)展簡史

 

分子生物學經(jīng)歷了漫長的發(fā)展歷程,其中,有幾個事件尤其重要。

① 格雷戈爾·孟德爾(Gregor Johann Mendel)首先提出遺傳因子的概念:為什么說這個事件在生物學的發(fā)展史上是非常重要的呢?因為在生物學研究歷史中,格雷戈爾·孟德爾(Gregor Johann Mendel是第一個將有機體遺傳性狀視為組成活體生命的部分實體的人,他指出它們可以在活體生命之間互相單獨傳遞。換句話說,他在人類歷史上,率先將活體生命當作一種具有獨立遺傳性狀的、穩(wěn)定的、能延續(xù)千萬年的、精雕細刻的“藝術(shù)品”。格雷戈爾·孟德爾(Gregor Johann Mendel之前,關(guān)于遺傳現(xiàn)象的解釋主要流行達爾文提出的融合說,即將遺傳現(xiàn)象解釋為母方卵細胞與父方精子中存在的某種液體混合,是孩子繼承父母兩方特征的原因。然而,格雷戈爾·孟德爾(Gregor Johann Mendel對這種解釋持懷疑態(tài)度,并決定通過實驗來探究遺傳的真相。孟德爾所在的修道院的后院中有一塊長35公尺,寬7公尺的空地,孟德爾就在這塊空地上種了許多豌豆,這一種就是兩年,他用了兩年的時間,從34種不同類型的豌豆中找到了14種明顯的性狀,組成了7對參照物進行進一步研究。分別是豆粒飽滿和褶皺、豆粒黃色和綠色、花瓣白色和紫色、豆莢飽滿和褶皺、豆莢黃色和綠色、花開的高與低、植株的高與低這七對不同的性狀。格雷戈爾·孟德爾(Gregor Johann Mendel)通過豌豆雜交實驗統(tǒng)計和分析后代的表現(xiàn)型比例,揭示了生物體遺傳給后代的基本規(guī)律,即遺傳信息的傳遞方式和遺傳因子的組合方式:基因的分離定律和自由組合定律。基因的分離定律是指雜合體中決定某一性狀的成對遺傳因子,在減數(shù)分裂過程中,彼此分離,互不干擾,使得配子中只具有成對遺傳因子中的一個,從而產(chǎn)生數(shù)目相等的、兩種類型的配子,且獨立地遺傳給后代?;虻淖杂山M合定律是指:具有兩對(或更多對)相對性狀的親本進行雜交,在F1產(chǎn)生配子時,在等位基因分離的同時,非同源染色體上的非等位基因表現(xiàn)為自由組合,這就是自由組合規(guī)律的實質(zhì)。也就是說,一對等位基因與另一對等位基因的分離與組合互不干擾,各自獨立地分配到配子中,這也之前的融合學說完全相悖。

然而,在格雷戈爾·孟德爾(Gregor Johann Mendel)生前,他的發(fā)現(xiàn)并沒有得到充分的重視和認可。直到20世紀初,隨著遺傳學研究的深入和發(fā)展,孟德爾遺傳定律才逐漸被科學界所接受和推崇。如今,孟德爾遺傳定律已成為遺傳學領(lǐng)域不可或缺的基礎(chǔ)知識之一。

 

圖三、孟德爾遺傳定律

DNA是遺傳因子1928弗雷德里克·格里菲Frederick Griffith以肺炎鏈球菌的轉(zhuǎn)化實驗奠定了DNA是遺傳物質(zhì)的基礎(chǔ)。20世紀初,當時科學界普遍認為蛋白質(zhì)是生物體的遺傳物質(zhì),因為蛋白質(zhì)由多種氨基酸連接而成,且氨基酸的排列順序可能蘊含著遺傳信息。英國科學家弗雷德里克·格里菲斯Frederick Griffith進行了著名的肺炎雙球菌轉(zhuǎn)化實驗。這個實驗大家在初高中生物課上一定都學習過。如圖所示。弗雷德里克·格里菲Frederick Griffith)用肺炎雙球菌在小鼠身上進行了轉(zhuǎn)化實驗,實驗中,格里菲斯將S型菌的提取物與R型菌混合后注射給小鼠,結(jié)果小鼠死亡,并從其體內(nèi)分離出了S型菌。這表明R型菌在某種因子的作用下轉(zhuǎn)化為了S型菌,同時說明S型菌(光滑型,有毒性)中存在某種“轉(zhuǎn)化因子”,這種轉(zhuǎn)化因子能夠?qū)?/span>R型菌(粗糙型,無毒性)轉(zhuǎn)化為S型菌,但這種轉(zhuǎn)化因子到底是什么還未可知。因此,在1944奧斯瓦爾德·西奧多·埃弗里(Oswald Theodore Avery)、約翰·詹姆士·理察·麥克勞德 John James Richard Macleod和麥克林·麥卡蒂(Maclyn McCarty采用與弗雷德里克·格里菲Frederick Griffith相似的轉(zhuǎn)化實驗

① 證明了來自毒性細胞的轉(zhuǎn)化物質(zhì)的化學本質(zhì)。分別用蛋白質(zhì)酶、DNA酶、RNA酶降解對應(yīng)的組分,發(fā)現(xiàn)只有DNA酶破了提取物的轉(zhuǎn)化能力,這些結(jié)果提示了DNA就是轉(zhuǎn)化物質(zhì)及遺傳因子

 

圖四、肺炎雙球菌轉(zhuǎn)化實驗

為了進一步證明上述的實驗結(jié)論,1952年艾爾弗雷德·赫爾希Alfred Day Hershey和瑪莎·蔡斯(Martha Cowles Chase)進行了進一步的實驗。該實驗涉及大腸桿菌T2細菌噬菌體,采用放射性同位素磷-32標記DNA,硫-35標記蛋白質(zhì),因為DNA富含磷而噬菌體蛋白含硫不含磷,最后噬菌體吸附到細菌上,DNA注入細胞內(nèi)。實驗發(fā)現(xiàn),只有標記了DNA的噬菌體能夠?qū)⑵溥z傳信息傳遞給子代噬菌體,而標記了蛋白質(zhì)的噬菌體則不能。這一結(jié)果進一步證實了DNA是遺傳物質(zhì)。

 

圖五T2噬菌體侵染細菌

② DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn):上面的研究證實了DNA是遺傳物質(zhì),DNA因此也成為生命研究的最核心位置,但DNA的三維結(jié)構(gòu)還未知,當時有許多研究者致力于揭示該結(jié)構(gòu)。現(xiàn)在我們知道DNA是雙螺旋結(jié)構(gòu),但其實其中的探索歷程也是非常曲折的,我們一起來看看雙螺旋結(jié)構(gòu)是如何被發(fā)現(xiàn)的?有4位科學家在該結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)過程做出了巨大貢獻。首先是奧地利生物化學家埃爾文·查戈夫Erwin Chargaff),他發(fā)現(xiàn)嘌呤的含量總是大體與嘧啶含量相等,該規(guī)則為雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)奠定基礎(chǔ)。隨后英國女科學家羅莎琳德·埃爾西·富蘭克林(Rosalind Elsie Franklin拍攝了一張DNAX射線衍射照片,該衍射圖非常簡單,只是一系列的點排列成X形狀,表明DNA結(jié)構(gòu)本身也一定非常簡單。但DNA分子非常大,因此只有具備規(guī)則、重復(fù)的結(jié)構(gòu),才有可能有簡單的X射線衍射照片,對于DNA分子這一種細長分子而言,最簡單重復(fù)形狀就是像瓶塞鉆一樣的螺旋結(jié)構(gòu)或螺旋,因此沃森(James Dewey Watson克里克(Francis Harry Compton Crick大膽推測:DNA分子是雙螺旋結(jié)構(gòu)。但該衍射圖也存在一個令人疑惑的點:假設(shè)DNA是規(guī)則的、有重復(fù)結(jié)構(gòu)的螺旋,而它要行使其遺傳功能,就應(yīng)該是不規(guī)則的堿基順序。那這種現(xiàn)象又怎么解釋呢?這時詹姆斯·杜威·沃森(James Dewey Watson (22歲獲得博士學位)和弗朗西斯·哈利·康普頓·克里克(Francis Harry Compton Crick提出:DNA分子是雙螺旋結(jié)構(gòu),糖-磷酸骨架在外面,堿基在里面。堿基是配對的,一條鏈上的嘌呤總是與另一條鏈上的嘧啶匹配。這樣既解決了上述的矛盾,又同時滿足Chargaff規(guī)則。至此,DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)被提出,相關(guān)研究成果發(fā)布在Nature雜志上,同時在這篇論文中兩位科學家也暗示了DNA的復(fù)制機制。

 

圖六DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)

(這里有個小故事:雙螺旋結(jié)構(gòu)能夠建立最關(guān)鍵的一步是女科學家羅莎琳德·埃爾西·富蘭克林(Rosalind Elsie Franklin)拍到的DNA X射線衍射圖,這個圖為DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)奠定了重要基礎(chǔ),沃森(James Dewey Watson克里克(Francis Harry Compton Crick就是在看到這張圖之后才提出并建立了這個模型。當時的社會環(huán)境對于對女科學家的歧視處處存在,富蘭克林(Rosalind Elsie Franklin)跟實驗室同事莫里斯··弗雷德里克·威爾金斯(Maurice Hugh Frederick Wilkins)關(guān)系不好,這個同事在未經(jīng)富蘭克林的同意私自把這張圖拿給了沃森(James Dewey Watson)和克里克(Francis Harry Compton Crick)看,并將相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在Nature上,這篇文章只有短短的900字,堪稱史上最短的nature論文,該論文中提及他們是受到莫里斯··弗雷德里克·威爾金斯(Maurice Hugh Frederick Wilkins)與羅莎琳德·埃爾西·富蘭克林(Rosalind Elsie Franklin)等人的啟發(fā),但并未詳細說明,也沒有致謝。詹姆斯·杜威·沃森(James Dewey Watson)、弗朗西斯·哈利·康普頓·克里克(Francis Harry Compton Crick)和莫里斯··弗雷德里克·威爾金斯(Maurice Hugh Frederick Wilkins)獲也因此獲得了諾貝爾獎,但是遺憾的是,當1962年詹姆斯·杜威·沃森(James Dewey Watson)、弗朗西斯·哈利·康普頓·克里克(Francis Harry Compton Crick)和莫里斯··弗雷德里克·威爾金斯(Maurice Hugh Frederick Wilkins)獲得諾貝爾生理學或醫(yī)學獎的時候,羅莎琳德·埃爾西·富蘭克林(Rosalind Elsie Franklin)已經(jīng)在4年前因為卵巢癌而去世,患癌的原因可能與她研究的X射線有關(guān)。

而按照慣例,諾貝爾獎不授予已經(jīng)去世的人,且同一獎項至多只能由3個人分享,如果當時羅莎琳德·埃爾西·富蘭克林(Rosalind Elsie Franklin)在世,她,會共享諾貝爾獎嗎?這里也引申出一個話題:性別的差異是否是科學家們公平競爭的障礙?覺得是的小伙伴啊在彈幕里扣1,覺得不是的小伙伴,扣2。

③ 中心法則的提出:1957年,弗朗西斯·哈利·康普頓·克里克(Francis Harry Compton Crick)最初提出的中心法則是:DNA→RNA→蛋白質(zhì),它說明遺傳信息在不同的大分子之間的轉(zhuǎn)移都是單向的,不可逆的,只能從DNARNA(轉(zhuǎn)錄),從RNA到蛋白質(zhì)(翻譯)。這兩種形式的信息轉(zhuǎn)移在所有生物的細胞中都得到了證實。然而,隨著科學研究的深入,菲利普·霍利格爾(Philipp Holliger)在某種RNA病毒里發(fā)現(xiàn)了一種RNA復(fù)制酶,從而知道了某些RNA也能復(fù)制。1970年,霍華德·馬丁·特明 (Howard Martin Temin)和戴維·巴爾的摩(David Baltimore)在一些RNA致癌病毒中發(fā)現(xiàn)它們在宿主細胞中的復(fù)制過程是先以病毒的RNA分子為模板合成一個DNA分子,再以DNA分子為模板合成新的病毒RNA。前一個步驟被稱為反向轉(zhuǎn)錄,是中心法則提出后的新發(fā)現(xiàn)。因此,弗朗西斯·哈利·康普頓·克里克(Francis Harry Compton Crick)在1970年重申了中心法則的重要性,并提出了更為完整的圖解形式,也就是今天看到的形式。中心法則的提出和發(fā)展,為我們理解遺傳信息的傳遞和表達提供了重要的理論框架。

④ 遺傳密碼子的破譯:在遺傳密碼破譯的早期階段,科學家們很早就知道DNA是由多種化學物質(zhì)組成的,但對這些化學物質(zhì)的具體種類和性質(zhì)并不完全了解。隨著科學研究的深入,人們逐漸認識到DNA分子中的這些化學物質(zhì)實際上是四種不同的核苷酸,它們以特定的順序排列,構(gòu)成了DNA的遺傳信息。這個發(fā)現(xiàn)對于理解基因和遺傳密碼的工作具有重要意義。在這之后科學家們發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)的翻譯過程這個過程涉及到一種叫做密碼子的三個核苷酸序列,每個密碼子對應(yīng)著一個氨基酸,這些氨基酸連接在一起形成蛋白質(zhì)。通過進一步的研究,馬歇爾·沃倫·尼倫伯格(Marshall Warren Nirenberg)等人成功地解讀DNA信息傳遞到蛋白質(zhì)的細節(jié),他們發(fā)現(xiàn),一共有64種可能的密碼子,其中三個密碼子作為停止信號,表示蛋白質(zhì)合成的終止,剩下的61個密碼子對應(yīng)著不同的氨基酸,且密碼子具有以下特點:每個密碼子三聯(lián)體決定一種氨基酸;密碼子具有連續(xù)性,密碼子之間無逗號,兩種密碼子之間無任何核苷酸或其它成分加以分離;密碼子具有方向性;密碼子有簡并性,一種氨基酸有幾個密碼子,或者幾個密碼子代表一種氨基酸;密碼子有通用性,即不論是病毒、原核生物還是真核生物密碼子的含義都是相同的。遺傳密碼的破譯對于生命科學研究的進展具有重大意義。它揭示了基因和蛋白質(zhì)之間的密切關(guān)系,通過破譯遺傳密碼,可以幫助我們更好地理解基因如何通過蛋白質(zhì)的合成來驅(qū)動生命的各種過程。

圖七、遺傳密碼子

⑤ 人類基因組計劃宗旨在于測定組成人類染色體(指單倍體)中所包含的30億個堿基對組成的核苷酸序列,從而繪制人類基因組圖譜,并且辨識其載有的基因及其序列,達到破譯人類遺傳信息的最終目的,該計劃由美國科學家雷納托·杜爾貝科Renato Dulbecco)于1985年率先提出,于1990年正式啟動美國、英國、法國、德國、日本和中國科學家共同參與了這一預(yù)算達30億美元的人類基因組計劃,中國在1994年也加入到該計劃中來。按照這個計劃的設(shè)想,在2005年,要把人體內(nèi)約2.5萬個基因的密碼全部解開,同時繪制出人類基因的圖譜,換句話說,就是要揭開組成人體2.5萬個基因的30億個堿基對的秘密。截止到2003414日,人類基因組計劃的測序工作已經(jīng)完成。人類基因組計劃在研究人類過程中建立起來的策略、思想與技術(shù),同樣可以用于研究微生物、植物及其他動物。

⑥ 人造生命的誕生:2010520日,美國的一家私立科研機構(gòu)克雷格·克萊格·文特爾(John Craig Venter)宣布世界首例人造生命辛西婭Synthia,意為人造兒)誕生,標志了基因研究從改造進入創(chuàng)造階段這是一種完全由人造基因控制的單細胞細菌,地球上第一個能自我復(fù)制的人造物種,其生身父母是計算機。克萊格·文特爾John Craig Venter首先選取了一種名為絲狀支原體(Mycoplasma mycoides)的細菌,并將其染色體進行解碼。利用化學方法,研究人員一點一點地重新排列DNA,并將人工合成的1078條平均長度為1080bpDNA片段拼接為支原體全長基因組,然后將重組的DNA片段植入到另一種山羊支原體中,通過生長和分離,受體細菌產(chǎn)生了帶有人造DNA的細胞,這些細胞開始自我復(fù)制,形成新一代的人造生命體-辛西婭辛西婭能自我復(fù)制,產(chǎn)生新一代的人造生命。     這項里程碑意義的實驗表明,新的生命體可以在實驗室里被創(chuàng)造,而不是一定要通過進化來完成。批評者認為,人類無論如何都不可以充當造物主,也沒有資格像上帝或那樣創(chuàng)造生命,破壞自然界的平衡;更多人則擔心此研究成果會被居心不良者用來合成生化武器,制造恐怖威脅。而贊成者認為,這項技術(shù)可以為人類帶來諸多好處比如制造能產(chǎn)生生物燃料的細菌、特殊高效的藥品、能吸收二氧化碳或其他污染物的細菌,甚至制造合成疫苗所需要的蛋白質(zhì)等等。盡管有種種爭議,克萊格·文特爾(John Craig Venter)的研究仍然具有劃時代的意義。美國賓州大學生物倫理學家亞瑟·卡普蘭(ArthurCaplan)說:研究成果可以徹底平息有關(guān)生命到底需不需要特殊力量才能被創(chuàng)造和生存下來的爭論,甚至可以顛覆人類長久以來對于生命本質(zhì)的看法,讓人們重新審視自身和人類在宇宙中的地位,其深遠意義堪比伽利略·伽利雷(Galileo di Vincenzo Bonaulti de Galilei)、克里斯托弗·哥倫布Christopher Columbus、查爾斯·羅伯特·達爾文(Charles Robert Darwin)和阿爾伯特·愛因斯坦(Albert Einstein等對人類發(fā)展做出的貢獻。

 

圖八、人造生命辛西婭

⑦ 基因編輯技術(shù)的誕生:基因編輯是指通過基因編輯技術(shù)對生物體基因組特定目標進行修飾的過程,高效而精準地實現(xiàn)基因插入、缺失或替換,從而改變其遺傳信息的表達和表型特征。在DNN雙螺旋結(jié)構(gòu)及DNA重組技術(shù)陸續(xù)被發(fā)現(xiàn)后,科學家1979開始利用酵母等內(nèi)源重組效率高的單細胞生物實現(xiàn)基因替換,這標志著原始的基因編輯技術(shù)登上歷史舞臺。而后隨著基因工程和分子生物學技術(shù)的不斷發(fā)展,科學家們開始嘗試在更復(fù)雜的生物體中進行基因編輯,基因編輯技術(shù)也得到了新的突破。ZFNs(鋅指核酸酶)和TALENs(轉(zhuǎn)錄激活效應(yīng)核酸酶)作為早期的基因編輯工具,通過特定的蛋白質(zhì)識別并結(jié)合到DNA的特定序列上,然后利用核酸酶切割DNA。然而,這些技術(shù)存在效率不高、脫靶效應(yīng)嚴重等問題。因此在2000年初,科學家們開始關(guān)注CRISPR(成簇規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列)這一在細菌中廣泛存在的免疫系統(tǒng)。2012年詹妮弗·杜德納(Jennifer A. Doudna)和伊曼紐爾·沙彭蒂埃(Emmanuelle Charpentier)在《科學》雜志上共同發(fā)表了一篇關(guān)于CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)的里程碑式論文。她們發(fā)現(xiàn)CRISPR/Cas9系統(tǒng)能夠精確地識別并切割特定的DNA序列,從而為基因編輯技術(shù)帶來了革命性的突破。自CRISPR/Cas9技術(shù)問世以來,科學家們不斷對其進行優(yōu)化和改進,以提高其編輯效率和準確性,減少脫靶效應(yīng)。

值得我們注意的是,其實在CRISPR/Cas9系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)之前,科學家們就已經(jīng)發(fā)現(xiàn)可以通過相關(guān)的技術(shù)手段來調(diào)控基因的表達,如1998年首次發(fā)現(xiàn)RNA干擾(RNAi)現(xiàn)象。2001美國科學家托馬斯·圖歇爾Thomas Tuschl等人將僅含有21個核苷酸的dsRNA遞送至人胚腎細胞和海拉細胞中,成功抑制了細胞內(nèi)特定蛋白質(zhì)的表達,這種僅含有21-25個核苷酸的dsRNA被正式稱為“siRNA”。此后又陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了其他的能夠調(diào)控基因表達的RNA,如miRNAshRNA等。RNA干擾技術(shù)作用于轉(zhuǎn)錄后水平,通過降解mRNA來抑制基因表達,基因編輯則作用于基因組水平,通過直接修改DNA序列來改變遺傳信息。雖然原理有所不同,但兩者都旨在調(diào)控生物體的基因表達或遺傳信息。在某些情況下,兩者可以互補,例如,在需要快速、短暫地抑制基因表達以研究基因功能時,RNAi是一個很好的選擇。而基因編輯則更適用于需要永久、精確地修改基因組序列的場景,如遺傳病治療、作物改良等。

三、分子生物學的研究內(nèi)容

通過上面的內(nèi)容我們大概已經(jīng)了解了分子生物學的研究對象是生物大分子(包括DNARNA和蛋白質(zhì)等),而分子生物學的主要研究內(nèi)容為生物大分子的結(jié)構(gòu)、功能,生物大分子之間的相互作用及其與疾病免疫發(fā)生、發(fā)展的關(guān)系。根據(jù)這個定義我們可將分子生物學的研究內(nèi)容概括為以下幾個方面。

① 基礎(chǔ)理論研究

生物大分子的結(jié)構(gòu)與功能

蛋白質(zhì):蛋白質(zhì)作為生命活動的主要承擔者,其結(jié)構(gòu)多樣性決定了功能的多樣性。分子生物學主要研究蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)(包括一級、二級、三級和四級結(jié)構(gòu))及其與功能的關(guān)系

核酸:關(guān)注DNARNA的結(jié)構(gòu)、功能以及核酸的相互作用等過程,并揭示這些過程如何調(diào)控基因的表達。

糖類與脂質(zhì):研究這些生物大分子的結(jié)構(gòu)、功能及其與蛋白質(zhì)、核酸的相互作用。例如,通過基因克隆和表達技術(shù)可以研究糖基轉(zhuǎn)移酶、脂質(zhì)合成酶等關(guān)鍵酶的基因和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),從而揭示糖和脂質(zhì)的生物合成途徑調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。此外,利用基因編輯技術(shù)(如CRISPR-Cas9)可以精確修改生物體內(nèi)與糖和脂質(zhì)代謝相關(guān)的基因,為疾病治療提供新的策略。

基因表達調(diào)控基因表達調(diào)控是生物體發(fā)育、分化、代謝等生命活動的重要基礎(chǔ)。分子生物學主要研究基因在不同水平(如染色質(zhì)、DNA、轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后、翻譯及翻譯后)上的表達調(diào)控機制。

結(jié)構(gòu)分子生物學:結(jié)構(gòu)生物學主要研究生物大分子及其互作的空間結(jié)構(gòu)、構(gòu)象變化與功能的關(guān)系。尤其是冷凍電鏡的發(fā)明能夠更深入地了解生物大分子的三維結(jié)構(gòu)及其動態(tài)變化。值得一提的是目前我國建成了世界上最大的冷凍電鏡設(shè)施系統(tǒng),且中國科學院院士、現(xiàn)任西湖大學校長施一公教授在結(jié)構(gòu)生物學方面有著杰出的貢獻,其團隊利用冷凍電鏡技術(shù)揭示了多種蛋白分子的生物結(jié)構(gòu),加深了我們對生物分子結(jié)構(gòu)和功能的理解,為相關(guān)疾病的治療(如阿爾茲海默癥(俗稱老年癡呆癥)和漸凍癥提供了重要線索和結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。

② 技術(shù)應(yīng)用研究

DNA重組技術(shù)DNA重組技術(shù)是在體外將不同來源的DNA重新組合以獲得新功能分子的技術(shù),該技術(shù)可用于定向改造生物基因組結(jié)構(gòu),實現(xiàn)基因的定向轉(zhuǎn)移、克隆和表達。隨著CRISPR-Cas9等基因編輯技術(shù)的出現(xiàn)和發(fā)展,DNA重組技術(shù)將更加高效、精確和靈活地應(yīng)用于基因功能研究、疾病診斷和治療等方面。

基因組學基因組學是對生物體所有基因進行集體表征、定量研究及不同基因組比較研究的一門交叉生物學學科。它主要研究基因組的結(jié)構(gòu)、功能、進化、定位和編輯等,以及它們對生物體的影響。高通量DNA測序技術(shù)(如二代測序、三代測序等)是基因組學研究的重要手段。

轉(zhuǎn)錄組學轉(zhuǎn)錄組學主要研究細胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄本及其表達水平,以了解基因在不同條件下的表達情況。轉(zhuǎn)錄組學有助于揭示基因表達與生命活動之間的關(guān)系。轉(zhuǎn)錄組學的研究方法主要包括基于雜交技術(shù)的芯片技術(shù)和基于序列分析的測序技術(shù)(如RNA-Seq等。

蛋白質(zhì)組學蛋白質(zhì)組學對細胞或組織中所有蛋白質(zhì)進行全面研究,包括蛋白質(zhì)的表達水平、翻譯后修飾和相互作用等。它旨在獲得蛋白質(zhì)水平上的關(guān)于疾病發(fā)生、細胞代謝等過程的整體而全面的認識蛋白質(zhì)組學的研究方法主要包括二維電泳和質(zhì)譜技術(shù)的結(jié)合使用。二維電泳用于分離蛋白質(zhì)混合物中的各個蛋白質(zhì)組分,而質(zhì)譜技術(shù)則用于鑒定蛋白質(zhì)的序列和修飾情況。

代謝組學代謝組學是對生物體內(nèi)所有代謝物進行定量分析,并尋找代謝物與生理病理變化的關(guān)系的一種組學研究。研究對象主要是小分子代謝產(chǎn)物。代謝組學在營養(yǎng)學、毒理學等領(lǐng)域具有重要應(yīng)用價值。代謝組學的研究方法主要包括液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)等。

③ 其他相關(guān)領(lǐng)域

生物信息學生物信息學在基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、蛋白質(zhì)組學等領(lǐng)域中發(fā)揮著重要作用借助計算機技術(shù)對海量生物數(shù)據(jù)進行收集、整理和分析,以發(fā)現(xiàn)新的生物學規(guī)律和知識。如可利用生物信息學方法進行序列比對、結(jié)構(gòu)比對、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測、基因識別、非編碼區(qū)分析、分子進化、藥物設(shè)計等。

基因修復(fù)與基因治療利用分子生物學技術(shù)修復(fù)受損的基因或治療由基因突變引起的疾病。隨著技術(shù)的不斷發(fā)展,基因修復(fù)與基因治療有望成為未來醫(yī)學領(lǐng)域的重要治療手段。

關(guān)于分子生物學導(dǎo)論部分的內(nèi)容就講到這里,通過上述內(nèi)容,我們可以了解到分子生物學的前世今生,分子生物學的研究內(nèi)容以及相關(guān)實驗技術(shù),同時學習到科學家們細致嚴謹?shù)目蒲芯褚约案矣诖蚱啤罢胬怼钡挠職狻?蒲胁灰?,希望這些能給同樣處在生命科學研究中的大家一點啟示和慰藉。今天就先講到這里,希望大家給我們一鍵三連呀,讓我們有動力更新下去。祝大家科研順利、萬事如意!視頻版本請點擊分子生物160年發(fā)展史,從物種起源到新冠病毒
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