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流式結(jié)果怎么看【干貨文章】

2020-07-20 16:54:04

來源/作者:普拉特澤生物-醫(yī)學(xué)整體課題外包

  我們首先來看看流式細(xì)胞術(shù)的簡單介紹:

1、流式細(xì)胞術(shù):是基于細(xì)胞或顆粒光學(xué)散射特點(diǎn)和熒光信號差異對單個細(xì)胞或顆粒進(jìn)行統(tǒng)計分析的一種檢測方法。

2、流式抗體:與普通抗體的不同,是偶聯(lián)熒光素的抗體表達(dá)某一抗原的細(xì)胞與偶聯(lián)熒光素的抗體特異性結(jié)合,經(jīng)過流式細(xì)胞儀檢測區(qū)時熒光素被激光激發(fā),發(fā)射出的熒光信號被接收。分析時反推回去:某種熒光信號→某種流式抗體→某種抗原→某種細(xì)胞。

3、流式圖:流式儀將接收到的光信號轉(zhuǎn)化為電信號,經(jīng)計算機(jī)轉(zhuǎn)化為數(shù)字信號,繪制成圖呈現(xiàn)。

既然流式結(jié)果都是以圖片形式呈現(xiàn)的,那我們下面就重點(diǎn)來講講怎么看流式的結(jié)果圖吧。

介紹圖的類型

1. 直方圖  2.散點(diǎn)圖  3. 等高線圖  4.密度圖

1. 直方圖Histograms)

a.橫坐標(biāo)代表熒光信號或散射光信號相對強(qiáng)度,可以是線性或?qū)?shù)坐標(biāo)。

微信圖片_20200430143547.jpg

b.縱坐標(biāo)一般是相對細(xì)胞數(shù)。

直方圖適用于分析處理周期(如下圖)

微信圖片_20200430143708.jpg


直方圖分析數(shù)據(jù)注意事項:

① 不能比較不同標(biāo)記之間的表達(dá)量。如一號樣本單標(biāo)記CD133、二號樣本單標(biāo)記CD44,那么CD133與CD44表達(dá)量不能用直方圖進(jìn)行比較。

② 直方圖的形狀(直方圖的高度及寬度)取決于儀器的類型、處理軟件和樣本

③檢測目的細(xì)胞非常少(即檢測的細(xì)胞在一個細(xì)胞群體中所占的比例特別少),因此需要統(tǒng)計大量的數(shù)據(jù),直方圖將會將該稀有細(xì)胞覆蓋,如下圖散點(diǎn)圖中的P2門為CD16陰性群體,但在直方圖中則幾乎看不出來,所以此時散點(diǎn)圖為最佳展示數(shù)據(jù)方式。

微信圖片_20200430143915.jpg


2. 散點(diǎn)圖(Dot plots)

散點(diǎn)圖是雙變量圖的基本圖形,相對于單參數(shù)直方圖其分析通量更高,同時也能更好觀察到較小比例細(xì)胞群,參見直方圖注意事項2,另外散點(diǎn)圖中設(shè)門后,可以賦予門控顏色,便于觀察門控細(xì)胞群在其他圖中的分布,比如下圖只賦予淋巴細(xì)胞門紅色,則可以觀察到淋巴細(xì)胞中在散射光圖中的分布。

微信圖片_20200430143957.jpg

橫坐標(biāo)和縱坐標(biāo)都是光信號,十字門左下角是雙陰性群,右下角和左上角是單陽群,右上角是雙陽群。散點(diǎn)圖上的每一個點(diǎn)可以代表某一個細(xì)胞的信息。

微信圖片_20200430144109.jpg

但是散點(diǎn)圖在顯示足夠多events下的細(xì)胞分群上缺乏細(xì)節(jié),如下圖,流式儀器記錄的events達(dá)到50000以上時,CCR7的陽性群與陰性群已經(jīng)沒有明顯界限,但當(dāng)用等高線圖或者密度圖時,明顯改善點(diǎn)圖存在的缺點(diǎn)。

3. 密度圖(Density plot)

密度圖不僅能夠表示一個標(biāo)記的表達(dá)水平,還能顯示給定區(qū)域中事件的相對數(shù)量(密度)。有三種密度圖。密度度、斑馬線圖、偽彩圖。選擇自己一種喜歡的應(yīng)用

微信圖片_20200430144144.jpg

4.等高線圖(Contour plots)

等高線圖是另一顯示數(shù)據(jù)密度的形式。該圖使用等高線顯示數(shù)據(jù)的相對強(qiáng)度。等高線的每條線包含events的百分比由所用軟件的等高線圖決定。單純的等高線圖不能顯示低密度的群體顆?;蛘弋惓V担詈玫牟呗詾榈雀呔€圖與點(diǎn)圖結(jié)合起來使用,比如下圖左邊為點(diǎn)圖,中間為等高線圖,右邊為等高線加點(diǎn)圖。

微信圖片_20200430144208.jpg

分析,建議用散點(diǎn)圖

用直方圖不能說錯,但這需要在沒有自發(fā)熒光或自發(fā)熒光低、熒光滲漏調(diào)整到位的情況下。而在實際檢測中,自發(fā)熒光總是難以避免,更不用說現(xiàn)在多色流式中熒光滲漏對通道的干擾。

摘錄https://slideplayer.com/slide/13482960/中的圖與大家剖析,通過下面這個圖可以明顯看出,在直方圖上,自發(fā)熒光造成的拖尾,使得你的陰陽性分界位置難以確定,即使GFP樣本能夠形成雙峰,但實際上雙峰分界位置同時包括了自發(fā)熒光假陽性信號、陽性群弱表達(dá)信號,這兩部分信號數(shù)量一樣的時候,這個位置恰好相互抵消,但如果不一樣的,這個比例就不準(zhǔn)確了,如果改用下面的散點(diǎn)圖,用不規(guī)則門(如下面的梯形門),就可以準(zhǔn)確圈出陽性群,呈現(xiàn)更真實的比例:

微信圖片_20200430144239.jpg

綜上,不同類型的流式圖各有優(yōu)缺點(diǎn),適用于不同類型的檢測。這些流式圖我們U平臺的技術(shù)小哥哥都能做喲~老師有特定想要的圖片類型可以跟我們要求,技術(shù)小哥哥也會根據(jù)您的檢測內(nèi)容推薦最好的圖片形式的哦。


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