RNA免疫沉淀(RIP)實驗材料的準備
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺
今天普拉特澤生物跟大家一起學習的是RIP實驗材料的準備,前面的文章我們講解了RIP(RNA Immunoprecipitation)實驗是一種基于抗體的技術(shù),用于定位并鑒定體內(nèi)的RNA-蛋白質(zhì)相互作用。該技術(shù)通過捕獲特定的RNA結(jié)合蛋白(RBP)及其結(jié)合的RNA,進而分析這些RNA的序列和功能。而普拉特澤生物——分子檢測平臺也非常重視這一點,為廣大科研人員提RIP實驗服務的同時,還詳細介紹RIP實驗所需的主要材料準備步驟,確保大家實驗能夠順利進行并獲取可靠的結(jié)果。
——實驗材料
①主要試劑
㈠RIP試劑盒:推薦使用Millipore的RIP試劑盒(cat. No 17-701),該試劑盒包含了一系列用于RIP實驗的必需試劑。
㈡PMSF:蛋白酶抑制劑,用于防止蛋白質(zhì)降解,來源Genstar(cat. No B111-01)。
㈢磷酸酶抑制劑:Selleck(cat. No B15001),用于防止磷酸酶對實驗樣本的干擾。
㈣蛋白酶抑制劑:Selleck(cat. No B14001),同樣用于防止蛋白質(zhì)降解。
㈤反轉(zhuǎn)錄試劑盒:TAKARA RR037A,用于將RNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA,以便進行后續(xù)PCR分析。
㈥qPCR試劑盒:yeasen 11202ES03,用于實時熒光定量PCR,以檢測特定RNA的表達水平。
——主要儀器及器材
㈠高速離心機:enppendorf 5810R,用于細胞裂解和樣本處理。
㈡熒光定量qPCR儀:Thermo Fisher Scientific ViiA7,用于qPCR實驗的數(shù)據(jù)采集和分析。
㈢磁力架:用于磁珠的分離和洗滌。
㈣渦旋震蕩器:用于試劑的混合和樣本的均質(zhì)化。
㈤移液器及槍頭:用于精確量取和轉(zhuǎn)移實驗樣本和試劑。
——樣本準備
①細胞樣本
Ⅰ細胞培養(yǎng)與收集:選擇適當?shù)募毎颠M行培養(yǎng),如HTR-8細胞。當細胞達到所需密度時,用冷PBS清洗兩次,然后用細胞刮將細胞刮下,收集至離心管中。
Ⅱ細胞裂解:每1x10^7個細胞加入500μl的RIPA裂解液,并加入PMSF、磷酸酶抑制劑和蛋白酶抑制劑,再加入10% SDS和Triton X-100,翻轉(zhuǎn)裂解過夜后,于-20℃保存。
②組織樣本
Ⅰ組織取材與清洗:取下新鮮組織,迅速用預冷的0.9%生理鹽水漂洗,以去除殘留血液和雜質(zhì)。
Ⅱ組織處理:將組織剪切成小塊,用勻漿器或其他細胞分離設備分散為單個細胞,然后進行離心和裂解處理,步驟與細胞樣本類似。
③磁珠準備
Ⅰ重懸磁珠:根據(jù)實驗需求,取適量磁珠進行重懸。
Ⅱ清洗磁珠:將重懸后的磁珠加入RIP Wash Buffer,渦旋震蕩后置于磁力架上,去除上清液,重復清洗數(shù)次。
Ⅲ抗體孵育:用RIP Wash Buffer重懸磁珠后,加入約5μg的相應抗體,室溫孵育30分鐘。
ⅣRNA結(jié)合蛋白免疫沉淀
Ⅴ配置RIP Immunoprecipitation Buffer:按照實驗要求配置所需緩沖液。
Ⅵ孵育:將磁珠-抗體復合物與細胞裂解液混合,4℃孵育3小時至過夜。
Ⅶ清洗:孵育完成后,用RIP Wash Buffer清洗磁珠-抗體復合物,去除非特異性結(jié)合的RNA和蛋白質(zhì),重復清洗數(shù)次。
④RNA純化
Ⅰ蛋白酶K處理:用Proteinase K Buffer重懸磁珠-抗體復合物,55℃孵育30分鐘,以消化結(jié)合的蛋白質(zhì)。
ⅡRNA提?。簩⑸锨逡恨D(zhuǎn)移至新管中,加入RIP Wash Buffer后,進行RNA提取,包括苯酚-氯仿抽提、乙醇沉淀等步驟。
ⅢRNA溶解:用DEPC處理水溶解提取的RNA,并進行后續(xù)分析。
——結(jié)論
RIP實驗的材料準備是實驗成功的關(guān)鍵步驟之一。通過合理選擇試劑、儀器和樣本,并嚴格按照實驗步驟進行操作,可以確保實驗結(jié)果的準確性和可靠性。此外,樣本的采集、處理和保存也是影響實驗結(jié)果的重要因素,需要特別注意。希望本文能為RIP實驗的材料準備提供有益的參考。
好,今天關(guān)于RNA免疫沉淀
實驗材料的準備及結(jié)論
就說到這里
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