熒光定量PCR實驗操作步驟,你做對了嗎?
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺
熒光定量PCR實驗操作步驟由普拉特澤生物跟大家一起學習進步,熒光定量PCR技術(shù)作為表達檢測平臺重要的實驗手段,以成熟的技術(shù)手段專業(yè)承接熒光定量PCR代做服務(wù),同時更積累了大量的實操經(jīng)驗,今天咱們就來跟大家一起一步一步來看,熒光定量PCR的操作步驟是怎樣的!
熒光定量PCR的操作步驟可以簡單概括為:RNA 提取 → 反轉(zhuǎn)錄 → 設(shè)計引物 → Q-PCR,咱們一步一步看。
熒光定量PCR第一步:RNA提取
1、首先進行不同樣本的預(yù)處理:
(1)組織樣本:迅速將新鮮的組織切成合適的大小,在液氮中充分研磨后加裂解液裂解,或直接加入裂解液后用勻漿器勻漿。每30-50mg組織加1ml Trizol。
(2)全血樣品:加入3-5倍體積的紅細胞裂解液到血樣中,室溫孵育10min,室溫3500rpm離心6min。棄上清,原每2-3ml全血樣品加1mL Trizol。
(3)細胞樣品:懸浮液中生長的細胞,通過離心收集細胞后,每1×105?106細胞加入1mL Trizol,移液器吹打混勻,直接裂解或-80℃儲存一個月。貼壁生長的細胞,可以移除培養(yǎng)基后,將1mL Trizol直接加入直徑3.5cm的培養(yǎng)皿中裂解細胞。
2、直接法提取RNA
(1)加入1ml Trizol試劑,混勻,冰上孵育10min。
(2)4℃,12000rpm離心10min,小心轉(zhuǎn)移上清液到不含顆粒的新EP管中。
(3)加入200ul氯仿,劇烈振蕩15秒,室溫孵育5min。
(4)4℃,12000rpm離心15min。混合液分三層,包括最下面的苯酚 - 氯仿有機相,中間相和上層水相。小心轉(zhuǎn)移上層水相到新的EP管(大約60%體積的Trizol),不要吸取中間相,可留下少量上層液體!(Note:質(zhì)量比數(shù)量更重要?。?/span>
(5)加入等體積的異丙醇,輕輕地顛倒混勻約10次,室溫放置10min。
(6)4℃,12000rpm離心10min。棄上清,1ml 75%乙醇洗滌RNA沉淀兩次。
(7)4℃,12000rpm離心5min,棄上清,室溫下風干5-10min(不要太干,過度干燥會導致RNA難溶解?。?。將RNA溶于15μl-50μlDEPC水中。
(8)立即進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),或先-80℃長期保存。
熒光定量PCR第二步:反轉(zhuǎn)錄
1、RNA純度和完整度鑒定
紫外分光光度法測定RNA濃度和純度:在pH8.0的TE緩沖液中稀釋RNA,并在260nm和280nm下測量吸光度,一般Abs 260nm:280nm比率應(yīng)該是1.7-2.1,說明RNA的純度較好。
RNA條帶完整度測定:評估RNA的完整性,取部分樣本做瓊脂糖凝膠電泳。完整的RNA條帶包括28S,18S和5S核糖體RNA。通常,28S / 18S> 2意味著RNA具有較高的完整度。
2、反轉(zhuǎn)錄:PCR條件:42℃孵育40min,85℃加熱5min,4℃保存。將第一鏈cDNA儲存在-20℃。
熒光定量PCR第三步:引物設(shè)計
引物設(shè)計標準
(1)PCR擴增子長度:50-180bp;
(2)引物長度17-25bp;
(3)GC含量:45-55%;
(4)Tm:58?68℃,引物對間差異不大于2℃;
(5)堿基要隨機分布,盡量均勻。3′端要避開AT,GC rich的區(qū)域,避開T/C或A/G連續(xù)結(jié)構(gòu)(2-3個)。引物自身和引物間不能存在互補。引物3’末端為G或C;
(6)避免DNA污染,跨外顯子接頭區(qū);
(7)至少設(shè)計2-3對引物,預(yù)實驗篩選最佳引物;
(8)將所有設(shè)計的引物在NCBI數(shù)據(jù)庫中比對以確定它們對靶基因特異性。
熒光定量PCR第四步:Q-PCR反應(yīng)
注意: 一般使用cDNA模板的10倍稀釋液加入反應(yīng)體系,因為過高濃度的反轉(zhuǎn)錄體系殘留如逆轉(zhuǎn)錄酶和相關(guān)緩沖液組分會抑制DNA聚合酶活性,從而降低擴增效率。
1、擴增循環(huán)。
2、溶解程序:擴增循環(huán)結(jié)束后,降溫至60℃,然后加熱升溫至95℃變性DNA產(chǎn)物。
變性:高溫孵育將dsDNA變成成單鏈,并松弛ssDNA中的二級結(jié)構(gòu)。 通常DNA聚合酶可承受的最高溫度為95℃。如果模板GC含量高,可適當延長變性時間。
退火:退火期間,互補序列結(jié)合,一般使用低于引物的Tm 5℃作最適退火溫度。
延伸:70-72℃,DNA聚合酶活性最佳,并且以每秒100個堿基的速率延伸。當qPCR中的產(chǎn)物長度較小時,此步驟可與退火在60℃同步進行。
最后進行熒光定量PCR實驗的數(shù)據(jù)分析,那實驗步驟我們就講解到這里啦,下期咱們講講,最后一步的數(shù)據(jù)分析應(yīng)該如何分析,如何看熒光定量PCR的結(jié)果,如多您也想學習更多關(guān)于熒光定量PCR的實驗和結(jié)果分析或有熒光定量PCR代做外包的需求歡迎給普拉特澤留言,技術(shù)會第一時間聯(lián)系到您的哦~