熒光定量PCR結(jié)果分析解讀—熒光定量PCR外包
來(lái)源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺(tái)
大家好,今天普拉特澤生物跟大家一起學(xué)習(xí)的是熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果的分析與解讀,上期我們學(xué)習(xí)了熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)的操作步驟,不記得的可以點(diǎn)擊回去復(fù)習(xí)哦。普拉特澤生物表達(dá)檢測(cè)平臺(tái)專(zhuān)業(yè)承接熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)外包與代做服務(wù),本文我們就來(lái)一點(diǎn)一點(diǎn)看,熒光定量PCR結(jié)果到底應(yīng)該如何分析與解讀。
1、基線(xiàn)
基線(xiàn)是指實(shí)時(shí)PCR反應(yīng)的基線(xiàn)是指在PCR的初始循環(huán)期間的信號(hào)水平,通常是3至15的循環(huán)之間,此時(shí)熒光信號(hào)幾乎沒(méi)有變化。此時(shí)低信號(hào)可以認(rèn)為是背景或反應(yīng)的“噪音”?;€(xiàn)應(yīng)該設(shè)置應(yīng)考慮,在消除早期擴(kuò)增循環(huán)中背景的同時(shí),不覆蓋掉明顯非背景的擴(kuò)增信號(hào)。當(dāng)比較不同的qPCR反應(yīng)或?qū)嶒?yàn)時(shí),應(yīng)定義同一基線(xiàn)。
2、閾值
qPCR的閾值代表的是明顯超出基線(xiàn)的擴(kuò)增信號(hào)水平,用以區(qū)分明確的擴(kuò)增信號(hào)和背景。通常,qPCR儀器自帶軟件會(huì)自動(dòng)將閾值設(shè)置為基線(xiàn)熒光值標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍。
3、CT
Ct是指熒光信號(hào)超過(guò)閾值時(shí)對(duì)應(yīng)的循環(huán)數(shù)。Ct值與目的基因的起始量成反比,可用于計(jì)算DNA初始拷貝數(shù)。隨著模板量減少,檢測(cè)到顯著擴(kuò)增時(shí)的循環(huán)數(shù)會(huì)增加。
4、擴(kuò)增曲線(xiàn)
擴(kuò)增曲線(xiàn) 早期循環(huán)中,熒光信號(hào)幾乎沒(méi)有變化。隨著反應(yīng)的進(jìn)行,每個(gè)循環(huán)的熒光水平開(kāi)始顯著上升,被稱(chēng)為指數(shù)期。一般在在指數(shù)期的早期階段而不是后期的平臺(tái)期進(jìn)行定量分析。在指數(shù)階段開(kāi)始時(shí),所有的試劑仍然是過(guò)量的,DNA聚合酶仍然高效,并且擴(kuò)增產(chǎn)物量還較低,不會(huì)在退火時(shí)與引物競(jìng)爭(zhēng)。這些因素都有助于更準(zhǔn)確的定量。
5、溶解曲線(xiàn)
熔解曲線(xiàn) 熔解曲線(xiàn)描繪了隨著反應(yīng)溫度升高,摻入染料分子的dsDNA解離成單鏈DNA(ssDNA)時(shí)的熒光變化。例如,當(dāng)結(jié)合SYBR? Green I染料的dsDNA被加熱時(shí),達(dá)到解鏈溫度(Tm)后,由于雙聯(lián)DNA鏈解離而釋放出染料,熒光信號(hào)會(huì)急劇降低。以熒光信號(hào)隨時(shí)間變化作圖可得到圖3A,然后以ΔF/ΔT(熒光變化/溫度變化)值與溫度作圖,可得到熔融動(dòng)力學(xué)的清晰視圖(圖3B)??梢愿鶕?jù)熔解曲線(xiàn)來(lái)判斷qPCR反應(yīng)的特異性,特異性的擴(kuò)增的溶解曲線(xiàn)會(huì)是一個(gè)緊密的單峰。
6、相對(duì)定量
相對(duì)定量,不像絕對(duì)量化嚴(yán)格,應(yīng)用于大多數(shù)基因表達(dá)水研究。相對(duì)定量關(guān)注的并非某個(gè)基因的絕對(duì)表達(dá)量,而是同一基因在樣本間的表達(dá)差異(如實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組)。結(jié)果以處理組相對(duì)于未處理組的表達(dá)差異倍數(shù)表示。這種分析方法不需要測(cè)定精確的拷貝數(shù),重點(diǎn)是在與未處理樣品組相比的表達(dá)變化上。
相對(duì)定量算法—ΔΔCt ΔΔCt方法是比較組別間同一基因表達(dá)差異的常用方法。通過(guò)將目的基因Ct(Ct 目的)與自身內(nèi)參Ct值(Ct 內(nèi)參)進(jìn)行比較,可得到每一組別的ΔCt,再將實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組進(jìn)行計(jì)算得到ΔΔCt。ΔΔCt的大小關(guān)聯(lián)目的基因表達(dá)水平的倍數(shù)差異大小。
倍數(shù)差異 = 2–ΔΔCt
ΔCt 實(shí)驗(yàn)組 – ΔCt 對(duì)照組 = ΔΔCt
Ct 目的 實(shí)– Ct 內(nèi)參 實(shí) = ΔCt 實(shí)驗(yàn)組
Ct 目的 對(duì)– Ct 內(nèi)參 對(duì)照 = ΔCt 對(duì)照組
好啦,實(shí)驗(yàn)結(jié)果的數(shù)據(jù)應(yīng)該怎么分析以及數(shù)據(jù)的意義咱們就講到這里啦,如果您還有更多的問(wèn)題,歡迎您留言跟咱們的技術(shù)一起留言討論,如果您需要熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)代做與外包的服務(wù),請(qǐng)一定記得您生物科研路上的好盟友——普拉特澤!
——關(guān)于我們——
普拉特澤自建3000平米的GMP級(jí)實(shí)驗(yàn)室
擁有七個(gè)大型實(shí)驗(yàn)平臺(tái)、碩博士學(xué)歷技術(shù)團(tuán)隊(duì)100余人
病理實(shí)驗(yàn)平臺(tái)、動(dòng)物實(shí)驗(yàn)平臺(tái)、流式檢測(cè)平臺(tái)、分子檢測(cè)中心、細(xì)胞病毒中心,三大資源庫(kù)(細(xì)胞、組織、質(zhì)粒)
秉承“死磕真實(shí)實(shí)驗(yàn)”學(xué)術(shù)精神提供各項(xiàng)優(yōu)質(zhì)實(shí)驗(yàn)服務(wù)
歡迎您交流咨詢(xún)