SNP/單核苷酸多態(tài)性檢測(cè)最常用的三種方法
來(lái)源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺(tái)
大家好!本期普拉特澤生物跟大家一起學(xué)習(xí)的是SNP/單核苷酸多態(tài)性檢測(cè)最常用的幾種方法,SNP常用檢測(cè)方法總結(jié)由普拉特澤生物表達(dá)檢測(cè)平臺(tái)總結(jié)分享。SNP檢測(cè)服務(wù)是檢測(cè)染色體基因組中單個(gè)核苷酸的突變而引起的DNA序列的多態(tài)性的技術(shù)服務(wù),作為表達(dá)檢測(cè)平臺(tái)的常規(guī)實(shí)驗(yàn),我們積累了大量的實(shí)操經(jīng)驗(yàn)與案例,無(wú)論是SNP檢測(cè)外包還是技術(shù)咨詢,我們都會(huì)給到最專業(yè)的回復(fù),現(xiàn)在我們就來(lái)看看我們表達(dá)檢測(cè)平臺(tái)最常用的三種檢測(cè)SNP方法吧!
1、Taqman探針法(定性)
針對(duì)染色體上的不同SNP位點(diǎn)分別設(shè)計(jì)PCR引物和TaqMan探針,進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增。探針的5’-端和3’-端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告熒光基團(tuán)和一個(gè)淬滅熒光基團(tuán)。當(dāng)溶液中存在PCR產(chǎn)物時(shí),該探針與模板退火,即產(chǎn)生了適合于核酸外切酶活性的底物,從而將探針5’-端連接的熒光分子從探針上切割下來(lái),破壞兩熒光分子間的PRET,發(fā)出熒光。通常用于少量SNP位點(diǎn)分析。
高分辨率熔解曲線分析(HRM)是近幾年興起的SNP研究工具,它通過(guò)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)升溫過(guò)程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的結(jié)合情況,來(lái)判斷是否存在SNP,而且不同SNP位點(diǎn)、是否是雜合子等都會(huì)影響熔解曲線的峰形,因此HRM分析能夠有效區(qū)分不同SNP位點(diǎn)與不同基因型。這種檢測(cè)方法不受突變堿基位點(diǎn)與類型的局限,無(wú)需序列特異性探針,在PCR結(jié)束后直接運(yùn)行高分辨率熔解,即可完成對(duì)樣品基因型的分析。該方法無(wú)需設(shè)計(jì)探針,操作簡(jiǎn)便、快速,成本低,結(jié)果準(zhǔn)確,并且實(shí)現(xiàn)了真正的閉管操作。
2、直接測(cè)序法
Sanger測(cè)序是DNA序列分析的經(jīng)典方法,可直接獲取核酸序列信息,是SNP檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”。而且,Sanger測(cè)序可發(fā)現(xiàn)未知的 SNP位點(diǎn),確定SNP 的突變類型和突變位置,是一種無(wú)法替代的最直接、最準(zhǔn)確的SNP檢測(cè)方法。
采用測(cè)序法檢測(cè)SNP時(shí),首先可將含有SNP位點(diǎn)的靶標(biāo)序列通過(guò)PCR擴(kuò)增形成DNA片段后,再利用Sanger測(cè)序獲取目標(biāo)區(qū)域的核酸序列,并對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行比對(duì),由此即可確定是否存在變異位點(diǎn)。
Sanger測(cè)序是基于雙脫氧核糖核苷酸(ddNTP)末端終止的方法進(jìn)行檢測(cè)的。即在四個(gè)單獨(dú)的反應(yīng)體系中,分別對(duì)應(yīng)摻入四種帶有不同顏色標(biāo)記的A、T、G、C雙脫氧核苷酸,使得核苷酸在某一固定點(diǎn)開始延伸反應(yīng),而延伸過(guò)程中若摻入ddNTP,則由于堿基上無(wú)3’-OH導(dǎo)致延伸無(wú)法繼續(xù),從而隨機(jī)在某一特定堿基處終止,形成相差一個(gè)堿基的不同系列長(zhǎng)度的核酸片段,再利用毛細(xì)管電泳分離這些不同長(zhǎng)度的核酸片段,最后通過(guò)不同堿基標(biāo)記的顏色讀取待測(cè)核酸的堿基序列,由此獲得目標(biāo)區(qū)域的核苷酸序列。
3、ARMS-PCR法
擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng)PCR(Amplification Refractory Mutation System PCR,ARMS-PCR),又稱為等位基因特異性PCR(Allele-Specific PCR, AS-PCR),是基于Taq DNA 聚合酶無(wú)法修復(fù)引物3’末端的單個(gè)堿基錯(cuò)配,從而使得擴(kuò)增受阻的檢測(cè)方法。在擴(kuò)增過(guò)程中,只有當(dāng)引物3’末端的堿基與SNP位點(diǎn)的等位基因互補(bǔ)配對(duì)時(shí),才能正常延伸擴(kuò)增;而當(dāng)引物3’末端的堿基與SNP位點(diǎn)的等位基因不互補(bǔ)配對(duì)時(shí),則不發(fā)生擴(kuò)增反應(yīng),由此對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行凝膠電泳或熒光PCR檢測(cè),則可確定SNP基因型。
ARMS-PCR法的熒光PCR檢測(cè)時(shí),同樣使用TaqMan探針,只是將SNP位點(diǎn)設(shè)計(jì)在引物3’末端,因此理論上只有引物3’端與模板完全匹配時(shí),才能形成擴(kuò)增曲線;但在實(shí)際檢測(cè)時(shí),單個(gè)堿基的錯(cuò)配依然可以延伸擴(kuò)增,只是效率較低。為了提高其特異性,有時(shí)需在靠近引物3’末端的位置人為引入錯(cuò)配堿基,以降低非靶標(biāo)序列的擴(kuò)增效率。
實(shí)際操作中,我們最常用的三種檢測(cè)SNP的方法就是:Taqman探針法、直接測(cè)序法和ARMS-PCR法,當(dāng)然檢測(cè)SNP有很多的方法,如果您準(zhǔn)備學(xué)習(xí)SNP檢測(cè)或有SNP檢測(cè)外包代做的需求歡迎給客服留言,技術(shù)會(huì)技術(shù)聯(lián)系回復(fù)您,那我們下篇一起學(xué)習(xí)SNP檢測(cè)的另外幾種檢測(cè)方法~咱們下期見!